Naruto inicia quando a Kyuubi no Youko (Raposa Demônio de Nove Caudas) – uma raposa gigantesca, de pelo vermelho-alaranjado e poder inimaginável, cujo mero balançar de uma das nove caudas provocava grande destruição – ataca Konohagakure no Sato (Vila Oculta da Folha), a vila ninja do País do Fogo. Os ninjas de Konoha lutaram contra esse demônio de todas as formas possíveis, mas nada parecia ser capaz de atingi-la; tudo o que podiam fazer era distraí-la enquanto esperavam a chegada do Yondaime (Quarto) Hokage, o líder da vila naquela época.
Como não havia uma forma de destruir o demônio, Yondaime fez um pacto com o Shinigami (Deus da Morte), sacrificando sua própria alma para selar a Kyuubi no corpo de um recém-nascido.
Na criança cujo nome é Uzumaki Naruto.
Doze anos após esses acontecimentos, Naruto se tornara um encrenqueiro notável, que adorava pregar peças pela vila. Ninguém estava impune às suas brincadeiras – nem mesmo o Sandaime (Terceiro) Hokage, que reassumira o cargo após a morte de seu sucessor no processo de aprisionamento da Kyuubi. Enquanto a maioria das pessoas simplesmente repreendia o garoto por seu péssimo comportamento, alguns conseguiam entender que aquela atitude era simplesmente uma forma de chamar atenção – assim como as roupas laranja berrante e os discursos espalhafatosos.
O Sandaime havia proibido que os adultos falassem a respeito da Kyuubi e de sua relação com Naruto e, por isso, nenhuma criança, nem mesmo Naruto, conhecia a verdade sobre o sacrifício do Yondaime Hokage. Isso não impediu que os ninjas e civis mais velhos odiassem o garoto por causa da Kyuubi, e passassem esse ódio para seus filhos. Assim, Naruto cresceu sozinho, sem amigos ou parentes, e sem entender o que havia feito para ser tão odiado.
Depois de passar muito tempo chorando por causa disso, o garoto decidiu que forçaria a vila a reconhecê-lo, tornando-se o próximo Hokage – o líder de Konohagakure, o mais forte de seus ninjas. E o longo caminho que precisava percorrer para esse objetivo começou quando ele falhou pela terceira vez o exame da Academia Ninja para se tornar um genin…