Numa manhã comum tudo acontecia normal como em qualquer outro dia. Do telhado, Komuro Takashi, o personagem principal, observa um estranho acontecimento nos portões do colégio, um homem suspeito está causando confusão. Um dos professores ao tentar expulsá-lo, acaba sendo mordido pelo homem suspeito e em meio a gritos de desespero dos outros professores ele se levanta, mas agora ele é um zumbi. Ele então começa a atacar os outros professores que estavam com ele. Enquanto isso, Takashi corre de volta para dentro do colégio e se une junto com sua amiga Miyamoto Rei e o namorado dela Igou Hisashi do qual é o melhor amigo. Agora o colégio já está infestado de professores e outros colegiais zumbis. Os três decidem então ir até o telhado, mas no caminho eles encontram um aluno que foi transformado em zumbi. Esse aluno acaba por morder Hisashi, que fica com o braço ferido. Após eliminarem o zumbi, eles conseguem chegar até o telhado da escola, além de encontrar diversos zumbis e alunos normais sendo atacados por eles em seu caminho. No telhado Hisashi começa a sentir os primeiros efeitos da mordida provocada pelo zumbi. Aos poucos ele começa a se transformar, até chegar ao ponto dele perder a consciência e ameaça atacar a Rei, Takashi ao ver que seu amigo não era mais ele, decide então atacá-lo, acertando sua cabeça com um bastão de beisebol. Após uma série de eventos dentro do colégio, Takashi e Rei se encontram com as personagens: Busujima Saeko, Takagi Saya, Hirano Kouta e com a enfermeira Marikawa Shizuka. Assim então começa a história de sobrevivência desse simples grupo escolar, em meio a uma enorme quantidade de zumbis, que se espalha por toda a cidade.

A história segue inicialmente as tentativas de fuga ou a luta pela sobrevivência das personagens, mas quando a série começa a progredir, introduz as questões relacionadas com o colapso da sociedade, os sobreviventes que se tornam perigosos, incluindo a possível destruição dos códigos morais humanos.