O filme começa na década de 1960, quando os protagonistas Zé Pequeno, então apelidado "Dadinho", e Bené são pequenos deliqüentes na recém-fundada comunidade de Cidade de Deus, construída pelo governo do Estado da Guanabara, como parte da política de remoção de favelas.

Na década de 1980, os antigos amigos assumem o comando do tráfico de drogas na comunidade, que agora está ainda mais empobrecida e violenta. Os dois estabelecem prioridades bastante diferentes em suas vidas. O conflito entre o bando de Zé Pequeno contra o único foco de resistência ao seu controle total da Cidade de Deus, a área controlada pelo bando de Sandro "Cenoura", acirra-se quando morre Bené, que protegia "Cenoura" devido à antiga amizade entre os dois, e deixa o caminho livre para que Zé Pequeno desencadeie uma verdadeira guerra pela hegemonia do comando do crime no local.

Todo o drama é contado a partir do ponto de vista de Buscapé, um garoto pobre da comunidade que sonha em ser repórter fotográfico e resiste à tentação de entregar-se ao aparentemente mais fácil caminho da criminalidade.